Trung Quốc bị chia cắt vào thời kỳ quân phiệt, và trong thời gian Đạt Lai Lạt Ma thứ 13 cai trị nổi bật là các xung đột biên giới với các quân phiệt người Hán và người Hồi. Đương thời, chính phủ Tây Tạng kiểm soát toàn bộ Ü-Tsang (Dbus-gtsang) và miến tây Kham (Khams), gần tương đương với biên giới của Khu tự trị Tây Tạng hiện nay. Miền đông Kham bên kia sông Kim Sa nằm dưới quyền kiểm soát của quân phiệt Lưu Văn Huy. Tình thế tại Amdo (Thanh Hải) càng phức tạp, khi khu vực Tây Ninh sau năm 1928 nằm dưới quyền quân phiệt người Hồi là Mã Bộ Phương và Mã gia quân, họ không ngừng nỗ lực để giành quyền kiểm soát phần còn lại của Amdo. Miền nam Kham cùng với các bộ phận khác của Vân Nam thuộc quân phiệt Điền hệ từ năm 1915 đến năm 1927, sau đó là của quân phiệt Long Vân cho đến gần cuối Nội chiến Trung Quốc, khi ông ta bị Đỗ Duật Minh loại bỏ theo lệnh của Tưởng Giới Thạch. Trong lãnh thổ do Trung Quốc cai quản, chiến tranh từng được tiến hành chống phiến quân Tây Tạng tại Thanh Hải.

Năm 1918, Lhasa giành lại quyền kiểm soát Chamdo và miền tây Kham. Một thỏa thuận đình chiến đặt biên giới tại sông Kim Sa. Đương thời, chính phủ Tây Tạng kiểm soát toàn bộ Ü-Tsang và Kham phía tây sông Kim Sa, gần tương ứng với Khu tự trị Tây Tạng hiện nay. Miền đông Kham do các lãnh chúa Tây Tạng địa phương cai quản, lòng trung thành của họ là khác nhau. Thanh Hải do quân phiệt người Hồi thân Quốc Dân Đảng là Mã Bộ Phương kiểm soát. Năm 1932, Tây Tạng xâm chiếm Thanh Hải, nỗ lực chiếm phần phía nam của tỉnh Thanh Hải, sau khi đụng độ tại một tu viện tại Ngọc Thụ. Quân đội Thanh Hải của Mã Bộ Phương đánh bại quân Tây Tạng.

Năm 1932, quân đội Thanh Hải Hồi giáo và quân đội Tứ Xuyên của người Hán do Mã Bộ Phương và Lưu Văn Huy đứng đầu đánh bại quân đội Tây Tạng khi Đạt Lai Lạt Ma thứ 13 nỗ lực đoạt lấy lãnh thổ tại Thanh Hải và Tây Khang. Họ cảnh báo người Tây Tạng không được vượt qua sông Kim Sa một lần nữa.[54] Một thỏa thuận đình chiến được ký kết, kết thúc giao tranh.[55][56] Đạt Lai Lạt Ma đánh điện cho người Anh tại Ấn Độ nhờ giúp đỡ khi quân đội của mình chiến bại, và bắt đầu giáng chức các tướng đầu hàng.[57]

Năm 1936, sau khi Thịnh Thế Tài trục xuất 30.000 người Kazakh từ Tân Cương đến Thanh Hải, người Hồi dưới quyền Mã Bộ Phương thảm sát đồng đạo Kazakh của họ, cho đến khi chỉ còn lại 135 người.[58][59][60] Từ miền bắc Tây Cương, có trên 7.000 người Kazakh chạy đến cao nguyên Thanh-Tạng qua Cam Túc và tiến hành phá hoại, Mã Bộ Phương giải quyết bằng cách cho họ đến vùng đồng cỏ được chỉ định tại Thanh Hải, song người Hồi, Tạng và Kazakh trong khu vực tiếp tục xung đột với nhau.[61]